Trả lời:  Tại điểm 1.3b, mục III, phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 8/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng quy định: “Hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn trên hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế giá trị gia tăng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ... Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa bán ra; bù trừ công nợ; thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng mà các phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng; Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào”. Như vậy, kể từ ngày 1/1/2009, các hoá đơn giá trị gia tăng đầu vào có giá trị từ 20 triệu trở lên thì phải thanh toán qua ngân hàng mới được khấu trừ. Trường hợp thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hoá mua vào với giá trị hàng hoá bán ra cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng.